저자 최인은 상, 하권으로 나누어진 이 소설 속에 임진왜란, 정유재란, 난중일기 전 과정을 짜임새 있고 스피디하게 써 넣었다. 「신에겐 12척의 배가 있나이다」 는 난중일기를 바탕으로 한 작품이지만, 작가는 딱딱하고 지루한 역사적 기록을 재미있으면서 흥미롭게 소설화시키는 데 성공한다.
소설은 이순신 장군의 1인칭 시점으로 전개되며, 그 과정은 난중일기를 쫓아가는 형식이다. 그러나 난중일기에 없는 부분을 대폭 가미해 소설적 재미를 배가시킨 것이 돋보인다. 또한 소설을 읽다 보면, 자신도 모르게 이순신이 되어 가는 기이한 체험을 하게 된다. 즉 저자 특유의 간결하고 몰입도 높은 문장과 묘사, 갈등, 전개가 독자의 마음을 절묘하게 감정이입시킨다,
정사(正史)나 야사(野史)에는 이순신 장군이 한 여인을 사랑하고, 사랑 때문에 갈등하고, 사랑 때문에 목숨을 건 전투를 벌인다는 기록은 없다. 하지만 작가는 이 작픔 속에, 이순신이 장수이기 이전에 한 사람의 인간이고, 한 여자를 열렬히 사랑한 남자라는 사실을 한시를 통해 녹여 낸다.
春雨東軒降 세찬 봄비 동헌 뜰에 뿌리고
寒風大廳滲 차디찬 바람 대청에 스며든다.
感興廳柱依 감흥에 젖어 대청 기둥에 기대니
石榴墻下仃 석류꽃은 담장 아래 외롭다.
이순신을 사랑한 여자는 답시를 읊어 연정을 표현한다.
暢日出花園 화창한 날 꽃밭 정원에 나가
絹裳感春蘭 비단치마 입고 봄 난초 구경한다.
胡蝶紅衣飛 나비는 붉은 저고리에 날아들고
蘭香春色瀵 난초 향기는 봄빛에 스며든다.
위와 같이 「신에겐 12척의 배가 있나이다」 는 전쟁 소설이기 이전에 사람을 사랑한 사랑 소설이다. 즉 이순신에게 사랑의 감정과 사랑의 갈등, 사랑의 기쁨, 사랑의 슾픔을 절절히 느끼게 만든다.
특히 이 소설에는 난중일기에서 빠진 부분이 자세히 묘사되어 있다. 즉 이순신 장군이 통제사 지위를 박탈당한 채 도성으로 끌려가 혹독한 고문을 당하고 풀려나는 정유년(1597) 2월 26일부터 동년 4월 1일까지의 기록이 바로 그것이다. 이 기록은 대동야승, 난중잡록 등 야사를 통해 써 넣은 것으로 보인다. 그러나 작가가 쓴 이 공백기간의 기록은 너무나 섬세하고 사실적이어서 오히려 정사처럼 보인다.
또 한 가지 특별한 것은, 작가가 직접 지어서 요소요소에 삽입한 36편의 한시(漢詩)이다. 이 한시들은 글 속에 녹아 흐르면서 소설을 더욱 아름답게 만들고, 작품의 격을 높이는 데 일조한다. 이 한시들은 이순신의 고독한 마음을 표현한 것도 있고,
冬去未風凊 겨울은 갔지만 바람은 아직 서늘하고
海晴高風浪 바다는 맑게 개었는데 파도는 높게 인다.
深夜蜀魄嗚 깊은 밤 두견새 소리 슬프게 들리니
愁中花酒飮 시름 중에 꽃으로 담근 술 한 잔 마신다.
이순신이 사랑한 여인이 애정시로 쓴 것도 있으며,
素月照蒼浪 흰 달은 푸른 물결에 비치고
雙雁飛天高 한쌍의 기러기 하늘 높이 난다.
燭下展鴦寢 촛불 아래 원앙금침 펼쳐 있는데
郞步鼓窓門 님의 발걸음소리 창문을 두드린다.
장수들이 자신의 울적한 심회를 읊은 것도 있다.
帥甲秋色夜漸漸 장수의 갑옷에 비치는 가을빛에 밤은 깊어만 가고
孤雁幕上哀鳴飛 고독한 기러기 막사 위를 슬피 울면서 난다.
满月满沙北風銳 보름달은 백사장에 가득한데 북쪽 바람 날카롭고
天如靑海星遠曜 하늘은 푸른 바다 같은데 별무리는 멀리서 반짝인다.
저자는 소설 속에 재미와 흥미를 불어 넣어 중고생, 대학생, 일반인 등 모든 계층의 독자들이 역사를 배우고 되돌아보면서 쉽게 읽을 수 있도록 했다. 어떤 부분은 역사적 사실을 충실히 따르면서 대화, 기록, 전투장면을 자세히 기술했고, 어떤 부분은 역사학자도 눈을 크게 뜨고 들여다보지 않을 수 없도록 교지, 통문, 공문, 서장, 통첩, 상소문 등을 상세히 썼다. 즉 이 책은 역사적 교훈과 소설적 재미와 전투적 흥미가 충만한 작품임이 분명하다.
이 소설을 읽으면 이순신 장군의 생애와 성품, 치밀함, 과단성은 물론이고, 장군을 도와 모든 전쟁을 승리로 이끈 휘하 장수들의 성장과정, 그들의 전투와 전공과 벼슬, 등과과정과 성정, 장렬한 죽음 등을 알 수 있다. 또한 원균과의 끊임없는 갈등, 선조와의 간헐적 충돌, 정적 윤두수, 윤근수와의 암투, 장군을 도운 유성룡, 정탁, 이원익의 등과의 신의적 교류 등을 볼 수 있다. 그 외에 전국 각지에서 일어난 의병들의 뛰어난 활약상과, 전쟁으로 인해 피폐해진 백성들의 참상을 상세히 파악할 수 있다.
이순신은 전쟁터에서는 무서울 정도로 차갑고 과감하지만, 하급관리와 병졸, 노비 같은 약자들에게는 어버이 같은 존재로 묘사되어 있다. 실제로도 이순신은 난중일기에, 관청 노비와 집안 노비 등의 모습과 행동을 정겹게 그려, 그들에 대한 애정과 따듯한 마음을 적극 표현하고 있다. 또한 그들에 대한 측은지심을 때와 장소를 가리지 않고 보여줌으로써, 소비자본주의에 몰입된 채 이기적으로 살아가는, 현대인인 우리에게 경종을 울려 주고 있다.