이 책의 주제는, 겉으로 보기에는 두말할 필요도 없이 도덕적 가치다. 그러나 핵심 주제는 바로 고통이다. 도덕의 계보학에서 볼 때 모든 위선적이고 허무주의적 가치관을 전도할 수 있는 유일한 가치 개념은 다름 아닌 ‘고통’이다. 이 책에서 니체는 고통에 당당히 맞서서 힘에의 의지를 절규함으로써 허무주의를 극복하고 힘에의 의지로 충만한 새로운 창조적 도덕의 원리를 제시하고자 한다.
니체는 당시 인간을 지배하고 있던 도덕의 기원과 전개 과정을 매우 상세히 고찰한다. 동시에 인류 문명을 통해서 왜 허무주의가 지배적이 되었는지 묻고 어떻게 극복할 수 있는지를 다각도로 모색한다. 그에 따르면 선과 악이라는 도덕적 가치와 허무주의는 형이상학적인 기독교 도덕에서 발생한 것이다. 형이상학적 기독교 도덕이란, 간단히 말하면 소크라테스의 합리주의적(허무주의적)인, 그리고 기독교 신앙을 바탕으로 삼은 도덕이다. 도덕의 기원이 기독교 사제(司祭)들의 역할에 직접적으로 연관되어 있다는 것이다. 그렇게 때문에 형이상학적 기독교 도덕은 극복되지 않으면 안 된다.
니체의 도덕 비판의 입장을 살펴볼 때, 결국 전통적인 모든 가치들을 전도하고 해체하고 극복해야만 비로소 초인, 디오니소스, 힘에의 의지 등 새로운 창조적 가치 원리들이 설득력을 가질 수 있다. 니체는 이 책에서 군주도덕과 가축도덕을 대비한다. 가축도덕은 항상 증오와 복수심에 불타면서 고통을 부정하고 회피하지만 결국 퇴폐와 허무주의의 길을 걸어갈 수밖에 없다. 그는 가축도덕을 기독교 도덕, 천민의 도덕 등과 질적으로 동일한 것으로 보기 때문에 그것은 창조적인 군주도덕에 의해서 전도되고 해체되며 극복되어야 한다. 가축도덕은 ‘고통’을 회피하고 부정하지만 군주도덕은 ‘고통’에 과감히 맞선다. 과감히 고통에 맞서는 삶의 모습을 가리켜 ≪차라투스트라는 이렇게 말했다≫에서 ‘영원회귀’라고 불렀다.