이야기는 서대문형무소역사관 마당에 누워 있는 미루나무와 콩새의 대화로부터 시작합니다. 역사관은 미루나무에게 자신이 가두었던 독립운동가들이 지키려 했던 것이 무엇인지 생각하고 있다고 말합니다. 나라가 무엇이기에, 나라가 그분들에게 어떤 의미이기에 그토록 지키고 싶었던 것인지 고민하고 있다는 미루나무의 대사는 이 그림책 전체를 이해하는 중요한 메시지가 됩니다.
이어서 서대문형무소역사관은 역사관으로 소풍 나온 어린이들에게 100여 년 전 독립운동가의 이야기를 들려줍니다. 당시 조선에서 청일전쟁이 일어나게 된 정치적인 상황부터 시작하여, 독립운동을 위한 비밀 단체였던 신민회를 가두기 위해 서대문형무소를 세우게 되었다는 일화를 통해 형무소의 설립 배경을 이야기합니다.
서대문형무소역사관은 독립 운동에 참여한 사람들에 대해 하나하나 소개합니다. 널리 알려진 백범 김구, 한용운, 심훈의 독립운동 이야기를 비롯하여 사형을 당하는 순간에도 기개를 굽히지 않았던 강우규 지사에 얽힌 이야기, 여자 독립운동가를 가두었던 여옥사 8호방의 유관순 등 일곱 명의 이야기, 두 번이나 이곳에 수감되었던 김마리아, 항일노동운동가 이병희, 안창호, 여운형 등 이미 우리에게 널리 알려진 독립투사들의 독립운동 역사가 서대문형무소의 목소리를 통해 어린이들에게 전해집니다.
이 책에서 마지막으로 등장하는 것은 이름이 알려지지 않은 독립운동가의 이야기입니다. 서대문형무소에 수감되었던 독립운동가들 가운데는 우리에게 익히 알려진 위인들도 있지만 이름을 알리지 못한 채 스러져 간 독립운동가도 있다는 것을 이 책은 다시금 일깨워 줍니다.

나라는 말이야. 우리를 자유롭게 해 주는 날개이며,
튼튼하게 받쳐 주는 의자이기도 해.
또한 편안히 감싸 주는 울타리이기도 하지.
- 책 속에서

책의 시작 부분에서 미루나무가 던졌던 질문에 스스로 답을 얻는 것으로 이 책은 끝이 납니다. 《사라진 이름을 기억하는 곳, 서대문형무소》를 통해 널리 알려진 독립운동가에서 이름 없는 분들에 이르는 투쟁의 역사가, 지금 우리 어린이들이 자랑스러운 한국인으로 살 수 있는 이유임을 깨닫고 나라를 위해 희생한 분들에게 추모와 감사의 마음을 되새깁니다.

[시리즈 소개]
◆ 처음부터 제대로 배우는 한국사 그림책
우리 역사를 처음 만나는 어린이들이 역사를 바로 알고 관심을 갖도록 구성한 시리즈입니다. 유물과 유적 등 우리 역사의 상징물이 들려주는 이야기를 차근차근 따라가다 보면 과거에서 현재로 이어지는 역사의 큰 흐름을 이해할 수 있습니다.