최고의 경전 《상서》의 위조를 밝혀내다
《상서》는 고대 성왕과 현신의 언행을 기록한 유가의 경전이자 역사서로서, 공자가 《시》와 함께 필수 교재로 선택한 교과서였다. 유가의 탄생과 한대 학관이 세워진 이래로 최고의 경전의 하나로 군림하면서 지존의 위상을 가진 《상서》를 “위조된 것”으로 주장하고 나서는 것은 결코 쉬운 일이 아니다. 더욱이 천여 년 동안 지속된 공안국전 《상서》의 자체적 모순과 허점의 노출 그리고 그것에 대한 합리적 “의심”은 공자 이래 한 사람이라는 주자에게도 쉽지 않은 사안이었다. 염약거는 주자의 의변을 자기 학설의 보호막으로 삼아 자신의 학문을 반대하는 사람들에게 성법과 경도를 위배하였다는 말을 하지 못하도록 하는 한편, 선대 학자들이 주창한 방법론과 결과물을 운용하여 역사적인 의변작업을 완성한 저작을 편찬하게 되었다. 그것이 바로 고증학 불멸의 명작 《상서고문소증》이다. 비로소 경전의 지위에 있던 고문 《상서》는 위작으로 판명되었고, 위고문은 아무런 저항 없이 전복되고 말았다. 이는 경학학술사상 최고의 과학적 성과로 평가된다.

문헌적 증거와 역사적 증거로 위작을 고정하다
「상서고문소증」은 “제1. 전후 《한서》에 기록된 고문편수가 지금과 다름을 논함”을 시작으로 한 가지 문제에 대해 한 가지 의론을 하여 모두 128편을 입론하였는데, 중간에 28~30, 33~48, 108~110, 122~129 등 총 30조가 빠져 있다. 염약거는 매작의 선행연구에서 개창한 증거수집방법을 운용하여, 문헌적 증거와 역사적 증거 두 방면으로 공씨본의 위작을 고정하였다. 제1에서 제80(권1~권5)까지는 문헌적 증거이고, 제81에서 제96(권6)까지는 역사적 증거이며, 제97에서 제112권7까지는 위고문 내용의 모순을 폭로하였고, 제113에서 끝권8까지는 오역ㆍ주희ㆍ왕충운ㆍ매작ㆍ학경ㆍ정원ㆍ요제항ㆍ마숙 등의 의변설을 인용한 것이다.

‘고증학 불멸의 명작’ 손자 염학림에 의해 다시 세상에 나오다
염약거의 《상서고문소증》 8권이 세상에 나왔을 때, 성경을 모욕했다는 이유로 여러 비난에서 자유로울 수 없었다. 뿐만 아니라 하마터면 그 불멸의 연구성과는 그대로 역사에 묻히고 다음 세대를 기약할 뻔했었다. 염약거 생존 당시, 《상서고문소증》은 단지 초본만 유전되었고 판각간행되지는 못했다. 염약거가 세상을 떠난 40년 후 그의 손자 염학림에 의해 회안에서 판각간행되었다. 이것이 바로 건륭 10년 평음 주씨 권서당본이다. 건륭 37년 《사고전서》가 수찬되면서 이 판본이 수록되었고, 원각은 수몰 폐기되었다. 그 후 가경 원년 오인기의 천진각본, 동치 6년 전당 왕씨 진기당 중수본, 왕선겸의 《청경해속편》본이 만들어졌다. 각본 이외에도 초본 2종이 세상에 전해지고 있다. 하나는 항세준 발문의 청초본 5권으로 현재 중국국가도서관에 소장되어 있고, 다른 하나는 청 심동 초본 5권으로 현재 호남성도서관에 소장되어 있다.