과학, 종교학, 심리학 등 여러 분야의 전문가들조차 고개를 갸우뚱하게 만드는 미스터리 괴현상을 구체적인 일화와 함께 소개했다. 특히 세계의 불가사의로 꼽히는 괴현상만 모아 미스터리한 사람, 미스터리한 물건, 미스터리한 장소와 건축물, 미스터리한 현상, 네 파트로 나누어 소개했다. 직접 눈으로 보는 듯한 실제 미스터리 사진은 아이들의 호기심을 자극하고 집중력을 높인다. [미스터리 괴현상 X파일]은 기이한 현상에 관한 정보를 일방적으로 전달하며 단언하는 문어체가 아니라, 독자와 대화하는 듯한 글투의 구어체로 전개하고 있다. 괴현상의 진실 여부에 대한 사람들의 다양한 의견과 주장, 현재까지도 논란이 되는 부분, 어떤 주장의 근거가 되는 일화나 시각 자료 등을 함께 실어 독자의 생각은 어떤지 물음을 던짐으로써 생각의 폭을 넓힌다.