FILE. 1 vs. First Plant 첫 번째 용의자 오키야 스바루 편
1 빨강, 하양, 노랑 / 흑백이 / 새로운 이웃
2 종이비행기 / 메시지 / 구조
EXTRA FILE. 1

FILE. 2 vs. Black Plant 검은 모자를 쓴 남자 편
1 운명의 사람 / 함정 / 흔들리는 마음
2 위험한 구역 / 빨강과 13의 암시 / 폭파범의 목적 / 눈보라 속의 진실 / 조용한 싸움
EXTRA FILE. 2

FILE. 3 vs. Second Plant 두 번째 용의자 세라 마스미 편
1 절권도(截拳道) / 꼬마와 같은 탐정 / 세라의 2% 모자란 추리
2 동영상 사이트! / 항아리와 고양이 / 아유미의 흔적
3 어느쪽이 명탐정이야? / 이베짱 / 마법의 요리
EXTRA FILE. 3

FILE. 4 vs. Third Plant 세 번째 용의자 아무로 토오루 편
1 프라이빗 아이 / 게놈-유전자 정보 / 화염으로 회귀하는 운명
2 콜롬보에서 만날 약속 / 짜집기된 거짓말과 의문 / 탐정들의 녹턴[야상곡]
아이의 호기심과 탐정의 탐구심 / 입체적으로 교차되는 생각
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『명탐정코난 VS. 검은조직의 남자들』제2권. FBI 수사관 아카이의 죽음 직후, 조직에서 파견한 정보 수집의 전문가, 그 이름은… 버번! 코난, 그리고 하이바라 아이의 비밀에 급접근! FBI 수사관 아카이 슈이치의 죽음을 대가로 CIA 첩보원 미즈나시 레나=키르가 또 다시 검은 조직에 잠입하는 데에 성공!

그리고 그녀로부터 조직의 새로운 멤버가 움직이기 시작했다는 소식이 들어온다! 그것은 정보 수집과 관찰력, 통찰력이 무섭도록 뛰어난 탐색자, 코드 네임 '버번'!'버번'의 표적은 일명 셰리, 하이바라 아이…!! 새로운 검은 조직 멤버와 코난의 긴박한 대결을 그린 총집합편 제2탄!!