목차
1부. Rosalind.info 챌린지
1장. 테트라뉴클레오타이드 빈도: 빈도수 계산
2장. DNA를 mRNA로 변환: 문자열 변경, 파일 읽기와 쓰기
3장. DNA 역상보체: 문자열 조작
4장. 피보나치 수열 만들기: 알고리듬 작성, 테스트, 벤치마킹하기
5장. GC 함량 계산하기: FASTA 파싱하고 염기 서열 분석하기
6장. 해밍 거리 찾기: 점 돌연변이 계산하기
7장. mRNA를 단백질로 변환하기: 더 많은 함수형 프로그래밍
8장. DNA에서 모티프 찾기: 염기 서열 유사성 탐색하기
9장. 중첩 그래프: 공유 K-mers를 사용한 염기 서열 조립
10장. 가장 긴 공유 부분 염기 서열 찾기: k-mers 찾기, 함수 작성, 이진 탐색 사용
11장. 단백질 모티프 찾기: 데이터 가져오기 및 정규식 사용하기
12장. 단백질에서 mRNA 유추하기: 리스트의 곱셈과 리스트 줄이기
13장. 위치 제한 부위: 코드 사용, 코드 테스트, 코드 공유
14장. 열린 번역 프레임 찾기
2부. 다른 프로그램
15장. Seqmagique: 보고서 생성과 형식 지정
16장. FASTX grep: 염기 서열을 선택하기 위한 유틸리티 프로그램 만들기
17장. DNA 합성기: 마르코프 체인으로 합성 데이터 생성하기
18장. FASTX 샘플러: 염기 서열 파일 무작위 서브샘플링
19장. Blastomatic: 구분된 텍스트 파일 구문 분석
부록 A. make를 사용해서 명령 문서화와 워크플로 생성하기
부록 B. $PATH 이해하고 명령줄 프로그램 설치하기