허신의 부수 세우는[建部] 방식
본서의 표제자는 대부분 사람의 발 모양을 본뜬 正·是·辵·彳·廴·㢟·行·齒·牙·足 등의 부수(部首)로 구성되어 있다. ‘正’은 갑골문에서 발의 모양을 본뜬 止와 어떠한 지역을 뜻하는 囗이 합쳐진 ‘’의 형태로 발견된다. 이는 어떠한 지역[囗]으로 나아가[止] 정벌을 통해 ‘바로잡다’는 의미로 지녔다. 나머지 부수 역시 발이나 길의 모양을 본뜬 글자로 구성되었다. 그런데 한 가지 생긴 의문점은 사거리의 모양을 본뜬 ‘行’이 사람의 이를 뜻하는 ‘齒’자가 오는 것이다. 그런데 ‘齒’자가 발의 모양을 본뜬 止와 그 나머지 글자로 구성된 글자임을 안다면 전혀 이상할 것이 없고, 치아의 뜻을 가진 ‘牙’자를 다음에 두어 ‘이빨/치아’에 해당하는 글자를 한 곳에서 정리하였다. 이후 발의 모양을 본뜬 ‘足’자로 돌아가 다시 부수를 정리하는 방식의 부수를 세우는[建部] 방법을 취하였다.

牙(어금니 아)와 齒(이 치)에 관한 명확한 구분
牙자를 허신(許愼)은 “‘어금니’이다. 위아래 어금니가 서로 어긋나 있는 모양을 본떴다.[壯齒也 象上下相錯之形]”라고 하였다. 단옥재(段玉裁)는 “치아를 구분 없이 말하면 ‘齒’라고도 할 수 있고 ‘牙’라고도 할 수 있지만, 세부적으로 구분하여 말하면 앞쪽 입술에 닿은 치아는 ‘齒’, 뒤쪽 광대뼈 쪽에 있는 치아를 ‘牙’라고 하며, 牙가 齒에 비해 크다.”라고 명확히 牙와 齒를 구분하고 있다.

《설문해자》의 부수가 540개인 이유
허신은 후한 때 사람으로 당시 유행했던 음양오행설(陰陽五行說)에 입각하여 540의 부수를 설정하였다. 540이라는 숫자의 의미에 대하여 허신 스스로는 설명하고 있지 않지만 후세 연구에 따르면 음(陰)의 한계 숫자인 6과 양(陽)의 끝수인 9가 곱하면 54가 된다. 여기서 10을 곱하면 540이 된다. 부수 54개로 1만 여자에 가까운 글자를 모두 부수 안으로 편제 할 수가 없자 완전수인 10을 곱하여 540개로 건부(建部)한 것이다.