농림축산식품부는 축산물에 HACCP적용을 준비하면서 농장에서 식탁까지(From Farm to Table)라는 축산식품 위생 정책의 기본적인 취지에 따라 축산물의 위생수준을 가축의 생산단계에서부터 향상시키고자 하였다. 이에 2000년 7월부터 사료공장 HACCP도입을 위한 관련 연구용역 사업을 실시하고 2001년 3월 28일 사료공장에 대한 HACCP도입을 위한 근거 규정을 사료관리법에 마련하였다. 2004년 2월 부터는 구체적인 적용 모델제정과 세부적인 도입방안 마련을 위해 관련학계와 업계 및 관련 단체를 포함하는 사료공장 HACCP도입을 위한 실무작업반을 구성하여 사료공장에서 적용 가능한 매뉴얼 초안을 작성하였다. 2004년 9월에는 사료공장HACCP인증기관으로 농림축산식품부 산하 농림축산검역본부을 지정하였으며, 2004년 12월 31일 사료공장 위해요소중점관리기준 고시가 공포되어 사료의 위생 및 안전성을 관리할 수 있는 제도가 시행되었다. 2009년 이후에는 담당기관을 축산물안전관리인증원으로 변경하여 국내 사료공장 HACCP업무를 수행토록 하고 있다.
이후 사료공장 HACCP적용 확대방안의 일환으로 축우용 사료로 널리 이용되어지고 있는 반추동물용 섬유질배합사료, 섬유질 가공사료 및 발효사료(이하 TMR, Total Mixed Ration)공장에 대한 HACCP적용 필요성이 대두되었다.
이에 농림축산식품부, 관련학계 및 축산물안전관리인증원이 공동 참여하여 2010년 2월부터 TMR공장 HACCP적용을 위한 평가기준 개발 연구용역을 진행하였다. 그 결과를 바탕으로 사료공장 위해요소중점 관리기준을 개정 고시하여 2011년 9월 TMR공장에 HACCP제도를 도입하게 되었다.
또한 2015년 8월 사료공장 HACCP고시 개정을 통해 애완용 동물 배합사료 중 세부 평가기준이 마련되지 않아 적용이 불가능하였던 간식, 영양보충용 등 배합사료에 대한 HACCP실시상황 평가표를 추가하고 HACCP적용을 간식으로 확대 하였다.
